Estructura Orgánica,

La Resolución Exenta SS 43 del 11 de enero de 2012, modifica la Resolución Exenta SS 47 del 12 de enero de 2011, que establece estructura y organización interna de la Superintendencia de Salud, y deroga parcialmente, en los términos que indica la Resolución Exenta SS 965 del 20 de junio de 2011. La Resolución Exenta SS 965 de junio de 2011 y la Resolución Exenta SS 47 de enero 2011, mantienen plena vigencia en todo lo que no ha sido modificado por la Resolución Exenta SS 43 de enero de 2012.
Para los datos del mes de abril 2012, la información sobre la estructura Orgánica, no registra modificaciones.

Superintendente de Salud
- Intendencia de Fondos y Seguros Previsionales de Salud
  - Subdepartamento de Regulación
  - Subdepartamento de Resolución de Conflictos
    - Área de Gestion y Resolución de Reclamos
    - Área de Arbitraje
    - Área de Recursos de Reposición
  - Subdepartamento de Fiscalización de Beneficios
  - Subdepartamento de Fiscalización GES
  - Unidad de Analisis Operacional
  - Unidad de Coordinación Legal y Sanciones
  - Unidad de Supervisión de Riesgos
- Intendencia de Prestadores de Salud
  - Unidad de Acreditación
  - Unidad de Fiscalización
  - Unidad de Apoyo Operativo
  - Unidad Técnico Asesora
  - Unidad de Gestión y Apoyo Informático
  - Unidad de Apoyo Legal
- Fiscalía
- Departamento de Estudios y Desarrollo
- Departamento de Administración y Finanzas
  - Subdepartamento de Recursos Humanos
  - Subdepartamento de Finanzas y Contabilidad
  - Subdepartamento de Tecnologías de la Información y Comunicaciones
  - Unidad de Adquisiciones
  - Unidad de Logística
  - Servicio de Bienestar
- Unidad de Asesoría Médica
- Unidad de Desarrollo Corporativo
- Unidad de Auditoría Interna
- Unidad de Coordinación Regional y de Usuarios
  - Área de Atención de Usuarios Región Metropolitana
  - Área de Coordinación de Agencias Regionales