El procedimiento se encuentra establecido en los artículos 43 a 55 de la citada Ley N° 19.966 y en el Decreto Supremo N° 47, del 23 de junio de 2005, del Ministerio de Salud (Reglamento de Mediación).

La Ley estableció modalidades distintas de mediación, según si se trata de reclamos contra establecimientos asistenciales públicos o privados.

Tratándose de reclamos en contra de establecimientos de salud públicos o sus funcionarios, que integran las Redes Asistenciales, la ley previó que la mediación se desarrolla "ante el Consejo de Defensa del Estado", el que, de conformidad a la misma ley, puede designar como mediador a uno de sus funcionarios, a otro funcionario en comisión de servicio o a un profesional que reúna los requisitos legales para ser mediador.

En el caso de reclamos en contra de prestadores de salud privados (clínicas, centros médicos, laboratorios, profesionales, etc.), el proceso de mediación, de acuerdo a la ley, se desarrolla "ante mediadores acreditados por la Superintendencia de Salud" y designados de común acuerdo por las partes en conflicto, quienes, además, deben pagar los honorarios de los mediadores que elijan.

Para estos efectos, el mismo cuerpo legal dispuso la existencia de un Registro de Mediadores, a cargo de la citada Superintendencia.

De esta forma, la modalidad de mediación depende exclusivamente de la naturaleza -pública o privada- del prestador reclamado, independientemente del régimen previsional de los afectados.

Cabe destacar que los Hospitales de las Fuerzas Armadas y el Hospital Clínico de la Universidad de Chile (J.J. Aguirre) si bien, son instituciones públicas financiadas con presupuesto de la Nación, no integran las Redes Asistenciales por lo que no están afectos a esta Ley. En consecuencia, quienes enfrenten un daño médico con dichas entidades pueden realizar las acciones judiciales directamente, sin necesidad de requerir, previamente, una mediación.